icolos.utils package

Subpackages

• icolos.utils.entry_point_functions package
  • Submodules
  • icolos.utils.entry_point_functions.logging_helper_functions module
  • icolos.utils.entry_point_functions.parsing_functions module
  • Module contents
• icolos.utils.enums package
  • Submodules
  • icolos.utils.enums.composite_agents_enums module
  • icolos.utils.enums.compound_enums module
  • icolos.utils.enums.entry_points module
  • icolos.utils.enums.execution_enums module
  • icolos.utils.enums.flow_control_enums module
  • icolos.utils.enums.general_utils_enums module
  • icolos.utils.enums.input_enums module
  • icolos.utils.enums.logging_enums module
  • icolos.utils.enums.parallelization module
  • icolos.utils.enums.program_parameters module
  • icolos.utils.enums.step_enums module
  • icolos.utils.enums.step_initialization_enum module
  • icolos.utils.enums.write_out_enums module
  • Module contents
• icolos.utils.execute_external package
  • Submodules
  • icolos.utils.execute_external.autodockvina module
  • icolos.utils.execute_external.cresset_executor module
  • icolos.utils.execute_external.crest module
  • icolos.utils.execute_external.execute module
  • icolos.utils.execute_external.fep_plus module
  • icolos.utils.execute_external.glide module
  • icolos.utils.execute_external.gold module
  • icolos.utils.execute_external.gromacs module
  • icolos.utils.execute_external.ifd_executor module
  • icolos.utils.execute_external.jazzy module
  • icolos.utils.execute_external.kallisto module
  • icolos.utils.execute_external.license_token_guard module
  • icolos.utils.execute_external.ligprep module
  • icolos.utils.execute_external.macromodel module
  • icolos.utils.execute_external.omega module
  • icolos.utils.execute_external.openbabel module
  • icolos.utils.execute_external.pmx module
  • icolos.utils.execute_external.prime module
  • icolos.utils.execute_external.schrodinger module
  • icolos.utils.execute_external.sdconvert module
  • icolos.utils.execute_external.slurm_executor module
  • icolos.utils.execute_external.structcat module
  • icolos.utils.execute_external.turbomole module
  • icolos.utils.execute_external.xtb module
  • Module contents
• icolos.utils.general package
  • Submodules
  • icolos.utils.general.arparse_bool_extension module
  • icolos.utils.general.citation_generator module
  • icolos.utils.general.convenience_functions module
  • icolos.utils.general.files_paths module
  • icolos.utils.general.icolos_exceptions module
  • icolos.utils.general.molecules module
  • icolos.utils.general.parallelization module
  • icolos.utils.general.print_log module
  • icolos.utils.general.progress_bar module
  • icolos.utils.general.strings module
  • Module contents

Submodules

icolos.utils.constants module

icolos.utils.smiles module

icolos.utils.smiles.convert_to_rdkit_smiles(smiles)

icolos.utils.smiles.randomize_smiles(smiles, random_type='restricted')

Returns a random SMILES given a SMILES of a molecule. :param random_type: The type (unrestricted, restricted) of randomization performed. :return : A random SMILES string of the same molecule or None if the molecule is invalid.

icolos.utils.smiles.to_mol(smi)

Creates a Mol object from a SMILES string. :param smi: SMILES string. :return: A Mol object or None if it’s not valid.

icolos.utils.smiles.to_smiles(mol)

Converts a Mol object into a canonical SMILES string. :param mol: Mol object. :return: A SMILES string.

Module contents